中央競馬の3歳クラシック競走ではゼッケンは紺地に黄色の数字のものを使用するが、本競走に限り「伝統ある競走」という意味合いから一般競走と同様の白地に黒の数字のものを用いる。ただし一般競走のそれと異なり、金糸による縁取りが1994年から施されている。また馬番の下に記載されるものはスタンド側から見えるものについては馬名、内馬場側から見えるものについては第○○回日本ダービーの表示である。なお、その他のGI競走で使用されるゼッケンは紺地に白色の数字を用いたものである。また、馬名が併記されるようになったのは1988年以降である（それまでは馬名入りゼッケンはジャパンカップ（1983年の第3回より使用）のみであった）。
競走馬輸送を行う日本馬匹輸送自動車は馬運車に東京優駿の歴代優勝馬の名前をつけている（最近は名前が足りなくなり顕彰馬の名前をつけているものもある）。
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中央競馬ではほとんどのGI・JpnI競走は第11競走で施行されるが、東京優駿当日は全体の競走数ならびにメインとなる本競走の競走番号が他の競走と異なる。1989〜2001年までは当日は全部で10競走で東京優駿は第9競走で行われていた。2002年からは全体で1競走増加し当日は11競走行われ、東京優駿は第10競走で行われていた。2006年からは東京優駿当日についても全体で12競走行われるようになり、最終12競走に目黒記念を薄暮競走として実施するようになったが、東京優駿は2005年までと同様第10競走で行われる。