民進党では、1999年に台湾前途決議文を採択し、党綱領にある台湾独立を棚上げした。これは、2000年総統選挙に向けて、党内最大派閥の新潮流と穏健派が妥協した結果であった。同選挙で勝利し、陳水扁政権が成立すると米国政府の意向を汲み、「四つのノー、一つのない」を唱えた。そのため、民進党と従来の台湾独立派との間には、亀裂が生じた。
李登輝前総統は、かつての中国国民党李登輝派である台湾本土派の一部に台湾団結連盟（台聯）を結党させ、自らはその精神的指導者となった。台聯は綱領において、台湾新憲法の制定と、国号を台湾にすることをうたっている。当初、台聯は民進党を支援する目的で結成された。しかし、中国国民党の台湾本土派を十分に取り込むことが出来ず、固定的な支持基盤を獲得できなかった。そこで、急進的な独立派路線により、民進党と独立派に近い（深緑）支持者の票を奪い合うことになった。そのため、民進党と台聯の間で、独立的な主張を競い合うという循環に陥り、中間票を取りこぼす結果も生まれている。
一方、本来の台湾独立派は、陳水扁政権において総統府国策顧問や資政（上級顧問）に就任するものも現れた。しかし、顧問職の者も含めて、陳政権とは一線を画している。むしろ、台湾正名運動を推進し、最終的には陳水扁政権が放棄した国号改称も行うよう、求めている。また、現行憲法を廃止し、台湾新憲法の制定も求めている。
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その他、政治体制についても、五院体制から三権分立への変更を求める者もいる。対中国政策については、台聯や台湾独立派は、経済交流（貿易、投資、人的交流）規制の継続と強化を求めている。
2008年、中国国民党の馬英九政権となり、中国に急接近する政策を取ると、反発する反政権デモが独立派によりたびたび発生するに至った。2008年8月には台北市内で主催者発表で30万人のデモが行われ、総統府前を埋め尽くした[1]。2009年5月には主催者発表で台北で60万人、高雄で20万人が「（馬英九政権の）中国傾斜に反対し、台湾を守ろう」とのスローガンを掲げ、大規模な抗議活動を行っている[